Benjamin Duthoit commence la clarinette à Clermont-Ferrand et quatre ans plus tard poursuit son apprentissage au conservatoire du douzième arrondissement de Paris dans la classe de Michel Arrignon.

À dix-sept ans, il rentre au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris toujours chez Michel Arrignon et obtient en 2000 le premier prix de musique de chambre dans les classes de Maurice Bourgue et Jens Mac Manama, en 2001 le diplôme de formation supérieure et en 2003 le premier prix de clarinette basse dans la classe de Jean-Noël Crocq.

En 2002, il est admis à la Musique de l'air de Paris et parallèlement se perfectionne deux ans auprès de Jean-François Verdier à Aulnay-sous-Bois. Il est alors appelé comme musicien supplémentaire dans des orchestres tels que l'Opéra de Paris, l'orchestre philharmonique de Radio France, l'opéra de Monte Carlo, le Mahler Chamber Orchestra, l'orchestre d'Auvergne, l'opéra de Rouen, l'ensemble orchestral de Paris...

En 2010, il intègre l'Orchestre national d'Île-de-France en tant que clarinette basse solo.